Herman Boerhaave est né le 13 décembre 1668 à Voorhout près de Leyde. Fils d’un pasteur hollandais, Boerhaave perd à dix-huit ans le père qui avait surveillé son éducation et l’avait orienté vers l’état ecclésiastique. Devenu étudiant en philosophie à l’université de Leyde, il soutient en 1689 une thèse sur la distinction de l’esprit et du corps. En 1690, il partage son intérêt entre la théologie, la chimie, la botanique et la médecine, vers laquelle il se tourne définitivement après sa thèse de médecine à l'université d'Harderwijk en 1693: "De utilitate explorandorum in aegris excrementorum ut signorum" . 
Sa carrière professorale s’organise progressivement: en 1701, il est chargé d’un cours de médecine à l’université de Leyde où son succès auprès des jeunes est tel que, craignant de le voir accepter les propositions de Gröningen, les curateurs de Leyde lui promettent le premier poste professoral vacant. En 1709, il est nommé à la chaire de botanique et médecine. C'est à cette époque qu'il publia les deux ouvrages qui ont consacré sa renommée, Institutiones medicae in usum annuae exercitationis ("Principes médicaux", 1708) et Aphorismi de cognoscendis et curandis morbis ("Aphorismes sur le diagnostic et le traitement des maladies", 1709), qui furent le fondement de son enseignement et légitimèrent sa renommée.
En 1714 s’ajoute une chaire de clinique, puis en 1718 la chaire de chimie. Il va, seul pendant dix ans, tenir trois des cinq chaires que comporte la faculté de médecine. Il faut ajouter, surtout dans ses premières années, les enseignements privés qu’il donne chez lui et qui, par leur nouveauté, lui procurent une réputation telle que la faculté compte près de deux mille étudiants, venus, pour la plupart, de tous les pays d’Europe. Boerhaave, en effet, est un remarquable enseignant et un puissant travailleur.
Professeur de botanique, il a la charge du jardin botanique de l’université. Les deux catalogues qu’il en publie en 1710 et 1720 montrent qu’avec plus de deux mille espèces de plus en dix ans, le jardin en a presque doublé le nombre. Il publia également des contributions dans le domaine de la botanique.
Professeur de médecine, il emprunte aussi bien à Hippocrate qu’aux Modernes les faits bien établis qu’il enseigne. Comme Borelli, il est iatromécanicien, c’est-à-dire qu’il explique la physiologie par la mécanique du corps vivant et les maladies par les dérèglements de celle-ci. Pour joindre la pratique à la théorie, Boerhaave fonda un hôpital et introduit la méthode clinique dans l'éducation médicale. Il développe la clinique et les observations au lit du malade.
Professeur de chimie, c’est là peut-être que son œuvre est scientifiquement la plus importante. Il introduit des méthodes quantitatives exactes. On sait le rôle que jouait le mercure dans les transmutations des alchimistes: il a fait de très patientes recherches sur le mercure. Mais la chimie a aussi une part importante dans sa médecine. Il publia en 1732, Elementa chemiae ("Éléments de chimie"), un ouvrage qui contribua beaucoup à la clarté et à l'intelligibilité de la chimie, comprenant cinq parties :
le traité du Feu
le traité de l’Air
le traité de l’Eau
le traité de la Terre
le traité des Menstrues (Un menstrue (mot masculin) désignait tout liquide capable de liquéfier un solide).
Ses cours sont écrits en latin, comme ses ouvrages. Ces derniers ont été traduits en de nombreuses langues, et même en arabe. Haller a vu en Boerhaave "le précepteur commun de l’Europe". Il fut nommé correspondant de l’Académie des sciences en 1715, puis associé étranger en 1731, enfin membre de la Société royale de Londres en 1730.
Herman Boerhaave est mort le 23 septembre 1738, à Leyde .
"Ce puissant génie, l’honneur de son pays, de sa profession et de son siècle, a répandu la lumière sur toutes les sciences dont il s’est occupé".
Pierre-Joseph Macquer