Né Saint-julien dans le département du Rhône, le 12 juillet 1813, fils de vigneron, Claude Bernard après avoir étudié le latin qu'enseignait le curé du village, puis aux collèges de Villefranche et de Thoissey dans l'Ain ne peut poursuivre ses études plus avant. A l'âge de 16 ans il prend un humble emploi de préparateur dans une pharmacie à Lyon .
Tour à tour balayeur, livreur, il n'a pas pour ces occupations un entrain bien joyeux. Il ne rêve alors que d'échapper à la médiocrité de son état. Il écrit un vaudeville puis un drame en 5 actes. Avec des lettres de recommandation de son employeur pour un célèbre critique de l'époque Saint-Marc Girardin et pour Vatout bibliothécaire de Louis-Philippe, il arrive à Paris. Son théâtre étant mal accueilli, sous le conseil de Girardin, il s'inscrit à la Faculté de Médecine de Paris : "Vous avez fait de la pharmacie, faites de la Médecine et gardez la littérature pour les heures de loisir "
En 1837, puis en 1839, Claude Bernard est externe puis interne à l'Hôtel Dieu, il est diplômé en 1843.
Ses goûts l'orientent plutôt vers les disciplines de laboratoire. C'est ainsi qu'entre 1840 et 1850, il eut la chance de devenir préparateur aux côtés du physiologiste François Magendie. L'élève fut d'abord dérouté par les manières du maître : toujours cherchant le nouveau, ne virant en rien au cours organisé, toujours attentif à éveiller chez ses auditeurs l'esprit d'investigation. Magendie remarquant ses yeux et sa rare habileté lui aurait dit : "Ma chaire au Collège de France vous revient, je sais qu'avec vous elle ne tombera pas en quenouille."
Claude Bernard connaît cependant un début de carrière difficile, en 1844 il échoue à l'agrégation, mais le physiologiste expie comme il convient sa supériorité et ses dons exceptionnels. En 1845 il ouvre un laboratoire rue Saint-Jacques, en collaboration avec Charles Lasègne, le projet échoue par manque d'argent.
Magendie lui propose alors un poste d'assistant dans son laboratoire de l'Hotel-Dieu. Malgré les nombreux honneurs qui lui sont faits, sa vie de laboratoire dominera toute son existence.
Claude Bernard fut trois fois lauréat de l'Académie des Sciences, membre de cette Académie en 1854 et de l'Académie de Médecine en 1861, professeur de physiologie expérimentale à la Sorbonne puis au Collège de France à la suite de Magendie en 1855, et de physiologie générale au Muséum d'Histoire Naturelle en 1868, président de la Société de Biologie.
Son enseignement n'avait rien de solennel, d'autant plus qu'il ne préparait jamais son cours; comme son maître Magendie il expérimentait devant son public et c'était pour ce dernier un véritable spectacle de pouvoir assister aux travaux de l'illustre chercheur.
En 1865, le surmenage l'oblige à un long repos dans son village natal. Pendant son séjour, il reçoit les félicitations de Pasteur qui écrivait dans le "Moniteur Universel."
Ses travaux ne supportent aucune critique, il a tout créé et ses découvertes restent définitives. Les travaux qui attirèrent sur lui l'attention du monde savant furent aussi divers:
- La sensibilité récurrente ;
- La fonction glycogénique du foie et ce qui s'y rattache: amidon animal, fixité de la glycémie, production expérimentale de diabète par piqûre du 4ème ventricule
- La fonction des nerfs vaso-moteurs
- La fonction du pancréas
- La théorie de la thermorégulation animale
- La théorie de l'empoisonnement par l'oxyde de carbone et le curare ; ces 2 dernières découvertes montrant le moyen le plus délicat de dissociation et d'analyse physiologique.
Les forces revenues, il médite longuement sur 20 ans de découvertes ininterrompues, s'interroge, analyse, observe et écrit "L'Introduction à l'étude de la Médecine expérimentale" ouvrage qui lui ouvrit les portes de l'Académie Française et dont Bergson dira : "L'introduction est un peu pour nous ce que fut pour le XVIIe et le XVIIIe siècle le discours de la Méthode : un heureux mélange de spontanéité et de réflexion, de science et de philosophie."
En 1869, nommé Sénateur à son grand étonnement par décret impérial, Membre de nombreuses sociétés savantes en Europe. Candidat à l'Académie Française, il fut élu le 7 mai 1868 en remplacement de Jean-Pierre Flourens, après avoir écrit à la Compagnie "une lettre de quatre pages, qui contient une sorte de profession de foi théiste et spiritualiste." (Montalembert). Il fut reçu par Henri Patin le 27 mai 1869 ; il étudia, dans son discours de réception les rapports de la philosophie et de la science expérimentale.
Les découvertes et travaux de Claude BERNARD sont nombreux lorsqu'on pense aux conditions lamentables dans lesquelles elles ont été faites dans son laboratoire : réduit mal équipé et sans confort. Claude BERNARD aimait également à expérimenter devant ses élèves qui découvraient avec lui le spectacle admirable et l'éclosion des travaux de l'illustre chercheur, représentés dans un beau tableau du peintre champenois Lhermitte.
Il développe le schéma "observation, hypothèse, confirmation/infirmation". Cette méthodologie scientifique lui permet de faire progresser la physiologie. Il montre que la vie des êtres vivants est le résultat de la vie de leurs éléments anatomiques et il démontre en particulier le rôle du sang comme régulateur de toutes ces vies individuelles, véritable milieu intérieur au sein duquel vivent les cellules de l'organisme.
Claude BERNARD résumait lui-même la philosophie naturelle à ceci : "Connaître la loi des phénomènes, prévoir et diriger ceux-ci par certains principes spéciaux d'expérimentation."
Paul Berta dit que "Claude Bernard en 20 ans a plus trouvé de faits dominateurs, non seulement que les physiologistes français, mais que l'ensemble des physiologistes du monde entier."
Il écrivit de nombreux ouvrages de médecine et des sciences en collaboration, à la Revue des Deux-Mondes.
Les résultats de son enseignement au Collège de France sont inscrits dans 18 volumes dans lesquels il crée la physiologie générale.
Il revint à la religion à la fin de sa vie, ce qui souleva de vives discussions.
Il est mort le 10 février 1878, âgé de 65 ans seulement, laissant une œuvre considérable, digne des plus grands savants que la France ait connus, préparant ainsi l'avènement de Pasteur. A sa mort, Gambetta demanda des funérailles nationales. Il est enterré à Paris, au cimetière du Père Lachaise.
Sa statue, par Guillaume, a été placée devant le Collège de France.
Claude Bernard est surtout resté dans les mémoires pour avoir développé le concept de fonction, et pour avoir publié une des premières épistémologies de la pratique expérimentale de la médecine, qui reste encore aujourd'hui une référence.