Jean Fernel est né en 1497 à Montdidier dans la Somme en Picardie, son père, Laurent était pelletier puis hôtelier. La famille s'installa ensuite non loin de là à Clermont-de-l'Oise. Il étudia au collège de Sainte-Barbe où il fut reçut maître ès arts, étudia la philosophie et les mathématiques… il publia en 1526 une étude sur les cadrans solaires… il faisait figure de savant, était très apprécié dans les milieux scientifiques d'alors. Il avait épousé en 1531 Madeleine Tournebulle ou Tournebue, fille d'un conseiller au parlement, assez riche héritière.
Sa réputation fut telle que le roi Henri II le nomma son premier médecin, il suivit le roi à la guerre et fut présent à la prise de Calais le 8 janvier 1558. Il prodigua ses soins notamment à la reine Catherine de Médicis ainsi qu’à sa rivale Diane de Poitiers. Ami de Nostradamus, avec lequel il aurait tenté quelques prédictions, Jean Fernel était aussi un inventeur et un explorateur ; quelques unes de ses découvertes profitèrent aux sciences, telles l’astronomie, l’optique et la géographie. Il proposa entre autres une méthode de calcul permettant de connaître la longueur du méridien de Paris et a donné une estimation assez juste de la circonférence de la terre.
Défenseur du galénisme
Mais surtout Jean Fernel fut sans conteste le plus talentueux et le plus redoutable des défenseurs du galénisme, au moment où dans tous les domaines de l'art médical, le galénisme avait encore quelques ardents défenseurs. Convaicu de la primauté de la philosophie sur la médecine, mais pressentant néanmoins la victoire de la science qui s'annonçait à maint indice, il réussit à rajeunir et à revaloriser pour ainsi dire l'œuvre de Galien, en la dégageant de la gangue d'apports confus et obscurs qui l'avait alourdie au cours des siècles. Grâce à une clarté de raisonnement et d'exposition déjà presque cartésienne, il lui conféra une apparence dangereuse de modernisme
Fernel observateur
Il se place toutefois parmi les meilleurs observateurs de son temps : précurseur de la méthode anatomo-clinique, il a notamment laissé une excellente description d'un cas de perforation appendiculaire chez une fillette de sept ans dont il a fort bien consigné les symptômes et dont il a pyu faire l'autopsie.
C'est à lui que la syphilis doit son nom scientifique de "lues venera" .
Il a employé pour la première fois le terme de "physiologie" emprunté à Aristote
L'œuvre de Fernel
Si l'œuvre de Fernet est à certains égards une anticipation quant à sa forme et à sa présentation, elle n'a pas manqué de renflouer fâcheusement le vieux système scolastique et de lui redonner une vigueur qui retardera d'autant l'évolution de la pensée médicale. Ses nombreux ouvrages ont été publiés simultanément dans toute l’Europe et ont été pendant plus de deux siècles recommandés aux étudiants en médecine.
• Cosmotheoria, 1528, où il indique le moyen de mesurer avec exactitude un degré de méridien ;
• De naturali parte medicins, 1542 (c'est un traité de physiologie) ;
• Universa medicina, 1567, ouvrage capital, qui a eu plus de 30 éditions ;
• Thierapeutics umversalis libri septem, 1571 ;
• Feirium curandarum methodus generalis, 1577.
Jean Fernel est mort le 26 avril 1558 à Fontainebleau ou à Paris.
A l’époque des humanistes, Jean Fernel fut l’un des plus grands médecins d’Europe, digne successeur de Galien et d’Hippocrate.