Alfons Maria JAKOB est né le 2 juillet 1884 à Aschaffenburg en Bavière. Il était le fils d'un commerçant. Il a étudié la médecine à Munich, à Berlin, et à Strasbourg, où il a obtenu son doctorat en 1908. En 1909 il a commencé son travail clinique sous la direction du psychiatre Emil Kraepelin et a effectua des travaux de laboratoire avec Franz Nissl et Alois Alzheimer à Munich.
En 1911 il se rend à Hambourg pour travailler avec Theodor Kaes et devient chef du laboratoire de la d'anatomie pathologique à l'hôpital psychiatrique State Hospital Hamburg-Friedrichsberg. Après la mort de Kaes en 1913, Jakob lui succéda comme prosecteur. Après avoir servi dans l'armée allemande lors de la Première Guerre Mondiale, il revient à Hambourg et franchit les échelons universitaires. Diplômé en neurologie en 1919, en 1924 il devient professeur dans cette matière. Sous les conseils de Jakob le département s'est développé rapidement. Il apporta de notables contributions à la connaissance sur la commotion cérébrale et la dégénération secondaire des nerfs puist devint doyen de neuropathologie.
Jakob a publié cinq monographies et plus de 75 articles. Ses études en neuropathologie ont contribué considérablement à la description de nombreuses maladies, y compris la sclérose en plaques et l'ataxie de Friedreich. Il a identifié et a décrit pour la première fois la maladie d'Alper.
En 1920, Alfons Maria Jakob et Hans Gerhard Creutzfeldt font état d’une étrange maladie chez l’homme avec cachexie (maigreur extrême et atteinte grave de l'état général) et troubles de la coordination, se soldant par la mort, et qui ressemble à la tremblante du mouton. Le cerveau des malades est criblé de trous comme une éponge. D’où le nom "d’encéphalopathie spongiforme", donnée à cette maladie qui prendra ensuite le nom de ses découvreurs "Maladie de Creutzfeldt-Jakob". Aujourd'hui, on qualifie de "sporadique" cette forme déjà ancienne d'affection encéphalique, par opposition aux formes familiales (ou génétiques) et iatrogènes, c'est-à-dire acquises au cours d'un acte médical : vaccination, hormonothérapie.
Il a acquis une immense expérience en neurosyphilis, ayant une salle de 200 lits consacrée exclusivement à cette affection. Jakob a fait un voyage de conférence aux Etats-Unis et en Amérique du Sud où il a écrit un article sur la neuropathologie de la fièvre jaune.
Pendant les sept dernières années de sa vie il a souffert d'ostéomyélite chronique. Ce qui par la suite a entrainé un abcès rétropéritoneal et un iléus paralytique dont il est mort à la suite d'une opération.
Alfons Maria Jakob est décédé le 17 octobre 1931 à Hambourg.