Jacques Dubois est né en 1489 (plutôt qu'en 1478, autre date retenue) à Lœuilly près d'Amiens d'où son pseudonyme Jacobus Sylvius Ambianus. Il fut avant tout médecin, traducteur et commentateur d'Hippocrate et de Galien. Il étudie également la linguistique, la grammaire et les mathématiques à Paris.
Linguiste et grammairien
Il commence sa carrière en enseignant le latin et le grec. Grammairien, il entreprit de calquer la graphie française sur l'étymologie latine; ainsi en 1531, il édite un ouvrage intitulé "Introduction à la langue française suivie d'une grammaire, dont le texte original est en latin. Il s'agit d'un glossaire décrivant l'évolution du latin au français suivi d'une grammaire française en latin qui est la première grammaire de la langue française publiée en France.
Sa grammaire est un événement isolé dans sa carrière, sorte de cadeau de mariage à la reine Éléonore d'Autriche (1498-1558), sœur de Charles-Quint, que vient d'épouser François 1er le 5 août 1530, et qui ne connaît pas le français.
Il a également laissé des poèmes latins.
Carrière médicale tardive
Mais sentant sans doute que la linguistique ne lui réservait pas d'avenir, il entreprend des études de médecine.
En 1530, à l'âge de 41 ans environ, J. Dubois dit Sylvius est diplômé de la Faculté de Montpellier et retourne à Paris où il est nommé lecteur de Médecine par Henri II au Collège de Tréguier (en 1325, le chantre de l'église de Tréguier constitua le Collège "de Tréguier et de Léon" pour de pauvres étudiants bretons) - devenu Collège Royal de France en 1779 puis Collège Impérial et enfin Collège de France au XIXe siècle, il est situé près du lycée Louis-Le-Grand. Quand Guidi Guidio (dit Vidus Vidius) partit pour l'Italie, Sylvius fut désigné pour lui succéder comme professeur de chirurgie au Collège royal de Médecine (Faculté de Médecine de Paris).
Médecine et anatomie au XVIe siècle
Étroitement soumise à l'orthodoxie religieuses et aux règles de la scolastique, la médecine demeura jusqu'au XIIe siècle le domaine réservé des clercs. L'assistance aux malades était considérée comme une œuvre pieuse et de ce fait contrôlée par l'Église.
La Faculté de médecine de Paris, fondée en 1253, demeurait elle-même radicalement opposée à toute innovation. Les docteurs de l'Université méprisaient les chirurgiens ravalés au rang de barbiers. La médecine devait rester une science d'élite contre les barbiers et les chirurgiens.
Jacobus Sylvius est un des plus illustres professeurs de médecine de son temps, il fait progresser la connaissance médicale du corps humain, mettant au point une nomenclature des muscles en vigueur jusqu’au début du XXe siècle ainsi qu’un vocabulaire médical toujours utilisé ( mésentère, crural, kystique, gastrique, poplitée, etc.).
Adepte de Galien
Mais, fervent partisan de Galien et de l’antiquité (il rejette l’usage du français pour la rédaction de traités médicaux, considérant qu’il s’agissait d’un domaine d’études réservé à une élite) entre avec son ancien élève dans une violente querelle.
Les premiers anatomistes durent donc braver les nombreux interdits attachés à la pratique de la dissection. La réforme de l'anatomie (déjà étudiée par Léonard de Vinci quelques années plus tôt) connut un tournant grâce au Bruxellois André Vésale - (1514-1564). Cet élève de Sylvius, contemporain d'Ambroise Paré et de Paracelse releva et corrigea dans son ouvrage De corporis humani fabrica libri septem (1543) les erreurs de Galien (IIe siècle) qui par exemple ne disséqua que des animaux et en tira des conclusions pour l'être humain et dont l'enseignement reconnu par l'Église était demeuré incontesté jusqu'alors. Ceci provoqua un énorme scandale et l'attaque violente des traditionalistes menés par Jacques Dubois dit Sylvius lui-même.
Sylvius était un adepte de Galien et préférait interpréter les écrits sur l'anatomie et la physiologie de Galien plutôt que de faire des démonstrations sur le sujet.
Les déceptions de ses élèves
Vésale, qui était son élève, déclare que sa façon d'enseigner était calculée ni pour faire avancer la science ni pour rectifier les erreurs de ses prédécesseurs. Un corps humain n'a jamais été vu dans le théâtre anatomique de Dubois. Les carcasses des chiens et d'autres animaux étaient les matériaux dont il se servait pour enseigner. Il était si difficile d'obtenir les os humains, que Vésale et ses camarades étudiants devaient les rassembler eux-mêmes dans le Cimetière des Innocents et d'autres cimetières. Sans ces derniers, ils auraient commis de nombreuses erreurs en acquérant les principes de base de l'anatomie. Bien que Jean Riolan (1580-1657) ait contredit ces commentaires et accusé Vésale d'ingratitude, il est certain que les déceptions que Vésale éprouva lui servirent de base plus tard quand il se rendit à Padoue pour devenir lui-même un célèbre anatomiste. Il n'y avait qu'en Italie que pouvait se trouver les facilités pour disséquer le corps humain assez souvent pour en faciliter l'étude. Cette période fut un moment de discussion féroce entre les Galenistes et le nouveau corps de la pensée sur l'anatomie. Ainsi le conservateur Riolan attaqua William Harvey avec une ferveur égale.
Legs
Jacques Dubois a laissé son nom à l'aqueduc du mésencéphale (aqueduc de Sylvius), à l'artère cérébrale moyenne (artère sylvienne) et au muscle carré plantaire (chair carrée de Sylvius), dont les deux faisceaux naissent sur la face inférieure et le bord externe du calcanéum, et se terminent sur le tendon du long fléchisseur commun.
Bien que Dubois ait été reconnu comme le premier professeur d'anatomie à l'Université de Paris, il apparaît dans l'histoire comme celui qui a vécu sans véritable honneur et est mort sans une juste célébrité.
Doyen de la faculté de médecine de Paris, adepte des théories de Galien et Hippocrate, il traduit leurs œuvres en latin.
Jacques Dubois dit Sylvius est mort le 13 janvier 1555.