Jean-Antoine Dubois est né le 10 janvier 1766 à Saint-Remèze en Ardèche. Il commença ses études au collège de Bourg-Saint-Andéol, et les acheva au Séminaire des Missions Etrangères à Paris. 
Il fut ordonné prêtre à Viviers en 1791, et fuyant la Révolution française il partit le 29 janvier 1792 pour la mission Malabare (Pondichéry), en Inde sous la direction des Missions Étrangères de Paris.
Les conflits provoqués par la lutte d’influence que se livraient la France et la Grande-Bretagne, se répercutaient en Inde. Ils allaient être une incessante cause de destructions et de souffrances pour les futurs missionnaires. Pondichéry fut pris, repris et détruit par les Anglais avec toutes les conséquences que l’on peut imaginer.
Royaume de Mysore (Maïssour)
Vers 1760, le prince musulman Haïder Ali s'empara du royaume de Mysore, situé au centre de l'Inde du sud. Son fils, Tippou-Saëb obligeait les chrétiens à se convertir à l'Islam, un certain nombre de fidèles renièrent leur foi, d’autres fuirent dans le royaume voisin du Coorg. Soutenus par les Français, Haïdar-Ali et Tippou-Saëb firent longtemps une guerre acharnée aux Anglais; mais Tippou-Saëb étant mort en 1799, en défendant Seringapatam contre le général Harris, son royaume cessa dès lors d'exister. Les anglais furent les maîtres de fait, occupant les places fortes et percevant la moitié des revenus.
Après un court séjour dans le district de Salem, l'abbé Dubois fut envoyé en octobre 1799 dans le Maïssour où, lors de la persécution de Tippou Sahib, et par crainte des tourments, les chrétiens avaient accepté de se laisser circoncire, en témoignage de leur acceptation de l'Islam.
C'est là que Dubois attendit le moment de commencer ses travaux apostoliques : prêcher le christianisme. Dès son arrivée en Inde 
il a vu que le travail d'un missionnaire chrétien devrait être basé sur une connaissance complète de la vie et des caractères les plus secrets de la population indigène. En conséquence il a demandé à la société européenne, d'adopter le modèle d'habillement indigène, et a pris l'habitude d'adopter le costume indou. Ainsi il a su gagner une estime extraordinaire parmi des personnes de toutes les castes et conditions, et dans beaucoup de régions de l'Inde du sud, on parlait de lui avec l'affection et l'estime comme un "fils du prince, du plus noble des Européens."
Après la chute de Srirangapatnam consécutive à la guerre entre le sultan Tippou Sultan et les anglais, il fut chargé par le colonel Wellesley de ramener au sein de l’Église catholique les brebis égarées et de réorganiser la communauté chrétienne dans l’état de Mysore. Il usa à leur égard de la plus grande douceur et les ramena à la foi.
Introduction de la vaccination
Ayant partiellement échoué dans cette mission; l’abbé aida de son mieux les communautés rurales en essayant de lutter autant que faire se peut contre les méthodes archaïques des paysans. À force de persévérance, il parvint à convaincre nombre d'Indiens à accepter la vaccination comme mesure préventive de la variole; ainsi, il vaccina personnellement 25.432 personnes en 18 mois y compris le Maharadja Mumadi Krishnaraja Wodiyar, qui inaugura la campagne. Il apporta même un tel zèle à le propager, que la Compagnie des Indes l'en récompensa par une pension annuelle de 2000 fr.
Ces actes humanitaires provoquèrent une reconnaissance mêlée de respect de la part de la population qui lui donna le surnom de "Doddaswamy Avaur" c'est-à-dire Grand Seigneur.
Bâtisseur d'églises
Les Anglais le tenaient d'ailleurs, en haute estime ; il reçut de l'un d'eux un terrain à Hossur pour y construire une église ; il obtint une allocation pour l'église de Seringapatam, et une autre pour celle de Darmaboury, et à Bangalore nommée Basilique Sainte Marie (St. Mary’s Bascillica en 1806 ).
Eglise de Ganjam : "Immaculée Conception"
Il fonda les deux chrétientés de Mysore et Satyhalli (distantes de plus de 200 km) et administra la chrétienté kannadiga de Ganjam, où il bâtit une église. Cette paroisse qui comptait 1200 chrétiens à l’époque a pratiquement disparu aujourd’hui, sans doute pour cause d’émigration.
Une vieille église se tient dans le petit village de Ganjam, sur la route au Kaveri-sangam près de Srirangapatnam. La cloche de fer dans la tour est noircie avec l'âge ; un air d' intemporalité, de paix profonde, enveloppe les tombeaux du cimetière abandonné. Les arbres et les buissons rayent les murs ; les papillons voltigent paresseux parmi les lits de fleurs qui bordent les chemins ordonnés de gravier.
À l'intérieur de l'église, le sens du calme éternel est irresistible. Sur les murs blanchis on peut voir des images de la nativité. Les rangées de sièges en bois usés font face à l'icône de Jésus; la lumière des carreaux dépolis baigne l'intérieur d'une lueur fraîche et laiteuse comme elle devait être il y aplus de 200 ans, quand l'Abbe Dubois a établi l'église.
A peu de distance vers le bas se tient la petite école primaire installée par l'Abbe. Elle comporte deux salles minuscules ainsi qu'une véranda. Cette école continue à recevoir des élèves : 400 enfants qui ont entre 6 et 13 ans. Les matières (l'anglais, l'hindi, le kannada (langue officielle du Karnataka), les maths, la biologie, les sciences humaines, l'éducation civique et l'informatique.) sont enseignées par 8 instituteurs (dont 2 religieuses); un professeur de gymnastique et un d'informatique complètent l'équipe pédagogique.
Cependant, son ministère était paralysé par le peu de confiance qu'il avait dans les Indiens catholiques et par la perfection qu'il exigeait d'eux.
Premier ouvrage sur l'Hindouisme
Entre temps, 
il avait composé son ouvrage sur les coutumes, les mœurs et le caractère des Indiens, qu'il avait étudiés de très près avec autant de compétence que de conscience, sous le titre "Description of the Character, Manners and Customs of the People of India, and of their Institutions, religious and civil". Ce travail est considéré comme le premier ouvrage de recherche indianiste. A la demande du gouverneur de Madras, la Compagnie des Indes lui acheta son manuscrit et le fit publier en anglais, à Londres, en 1817. Depuis lors, d'autres éditions en français, en anglais, en espagnol, ont été données. Dubois publie une édition augmentée en français sous le titre "Mœurs, institutions et cérémonies des peuples de l'Inde" (1825, Paris), qui est considérée comme le meilleur et le plus complet des travaux de l'époque sur la vie en Inde. En 1864 une réimpression résumée a été publiée. L'abbé a remanié en grande partie son travail, et de ce texte révisé une édition avec des notes a été éditée en 1897 par H. K. Beauchamp.
L'ouvrage est divisé en trois parties:
1- une vue générale de la société en Inde, et particulièrement du système de caste;
2- les quatre états de la vie de Brahminical;
3- les faits religieux, temples, objets de culte.
Non seulement l'abbé donne-t-il un compte judicieux, clair et franc des façons et des coutumes des Indiens, mais il fournit une évaluation très saine de la position britannique en Inde, et fait quelques observations éminemment justes sur les difficultés d'administrer l'empire selon des notions occidentales de civilisation et de progrès avec les ressources limitées qui sont disponibles.
Mission Malabare
En 1807, il refusa d'être coadjuteur de Mgr Champenois, supérieur de la mission Malabare; en 1813, le séminaire de Pondichéry manquant totalement de ressources, il accepta de le prendre en charge, afin d'empêcher qu'on ne le fermât : tous les revenus dont il disposait furent affectés à cette œuvre
En 1819, le Conseil du Séminaire des Missions Etrangères, jugeant que la mission Malabare devait être représentée dans son sein, y appela Dubois ; celui-ci hésita quelque temps, et finalement accepta. Quand il quitta l'Inde, en janvier 1823, les Anglais ouvrirent une souscription pour faire peindre son portrait qu'ils placèrent à l'Académie de Madras.
Retour en Europe
L'abbé J. A. Dubois fut reçu directeur le 5 août 1823 ; le 23 mars 1824 et le 14 avril 1828, il fut nommé procureur pour la recette ; le 13 janvier 1829, assistant du supérieur.
Il résida en Angleterre pour les affaires des missions, du mois d'avril 1830 au 29 octobre 1832, date à laquelle il fut de nouveau procureur pour la recette. Pendant ce laps de temps, il avait publié à Londres un ouvrage en anglais : Letters on the state of Christianity in India. Cet ouvrage fit sensation et fut vivement critiqué par les missionnaires catholiques et protestants, parce que l'auteur, bien qu'ayant séjourné 32 années en Inde, mettait en doute la possibilité de réaliser de nombreuses conversions parmi les Indiens, et qu'il critiquait les moyens employés dans ce but par les protestants, notamment les versions, en langue indigène, des Saintes Ecritures. Il fut réfuté par les RR. James Houg et Henri Townley.
Dubois fut nommé assistant le 3 décembre 1832, supérieur du Séminaire le 11 janvier 1836, de nouveau assistant les 14 janvier 1839, 10 janvier 1842 et 27 janvier 1845. Malade et âgé, il donna sa démission d'assistant le 10 novembre suivant. Il mourut au Séminaire des Missions Étrangères à Paris le 17 février 1848. Ses travaux lui avaient ouvert les portes de la Société royale asiatique de la Grande-Bretagne et d'Irlande, de la Société asiatique de Paris, et de la Société littéraire de Madras.
Il a traduit en Français le livre célèbre des fables indous du brahme Vichnou-Sarma appelés Pantcha-Tantra ou les cinq ruses, et également un travail a appelé les exploits du gourou Paramarta.
Il est mort le 17 février 1848, à Paris. Il est enterré au cimetière Montparnasse. Il aurait aimé finir sa vie dans son village natal, mais Albin Mazon raconte que la conduite de membres de sa famille l'obligea à renoncer à ce projet
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Publications :
- Description of the character, manners, and customs of the People of India ; and of their institutions religious and civil, par l'abbé JA Dubois
- Mœurs, institutions et cérémonies des peuples de l'Inde, par M. l'abbé J. A. Dubois,
- Le Pantcha-Tantra ou les Cinq Ruses, Fables et autres contes
- Letters on the state of Christianity in India.
Sources
- Missions Etrangères de Paris
- The church at Ganjam par RP Subramanian, in Indian express